Back Rfam English Rfam Hungarian Rfam Serbo-Croatian Rfam Serbian

Rfam

Rfam é unha base de datos que contén información sobre familias de ARN non codificante (ncRNA) e outros elementos de ARN estruturados. É unha base de datos anotada de acceso aberto desenvolvido orixinalmente no Wellcome Trust Sanger Institute en colaboración con Janelia Farm,[1][2][3][4] e albergado actualmente no Instituto Europeo de Bioinformática.[5] Rfam está deseñado para ser similar á base de datos Pfam de familias proteicas anotadas.

A diferenza das proteínas, os ARN non codificantes adoitan ter unha estrutura secundaria semellante sen compartir unha secuencia primaria moi similar. Rfam divide os ARN non codificantes en familias baseándose na evolución a partir dun antepasado común. Realizar aliñamentos de secuencias múltiples destas familias pode proporcionar coñecementos da súa estrutura e función, de xeito similar ao que ocorre coas familias de proteínas. Estes aliñamentos de secuencias múltiples máis útiles ao engadirse información da estrutura secundaria. Os investigadores de Rfam tamén contribúen ao Wikiproxecto ARN de Wikipedia.[4][6]

  1. ↑ Griffiths-Jones S, Bateman A, Marshall M, Khanna A, Eddy SR (2003). "Rfam: an RNA family database". Nucleic Acids Res. 31 (1): 439–41. PMC 165453. PMID 12520045. doi:10.1093/nar/gkg006. 
  2. ↑ Griffiths-Jones S, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Eddy SR, Bateman A (2005). "Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes". Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D121–4. PMC 540035. PMID 15608160. doi:10.1093/nar/gki081. 
  3. ↑ Gardner PP, Daub J, Tate JG, et al. (October 2008). "Rfam: updates to the RNA families database". Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D136. PMC 2686503. PMID 18953034. doi:10.1093/nar/gkn766. 
  4. ↑ 4,0 4,1 Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD, Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A (2011). "Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release.". Nucleic Acids Res 39 (Database issue): D141–5. PMC 3013711. PMID 21062808. doi:10.1093/nar/gkq1129. 
  5. ↑ "Moving to xfam.org". Xfam Blog. Consultado o 3 May 2014. 
  6. ↑ Daub J, Gardner PP, Tate J, et al. (October 2008). "The RNA WikiProject: Community annotation of RNA families". RNA 14 (12): 2462–4. PMC 2590952. PMID 18945806. doi:10.1261/rna.1200508. 

Developed by StudentB